Perencanaan strategis Direktorat Jenderal KSDAE pada tahun 2025-2029 mengusung tema “Mengelola Keanekaragaman Hayati: Mengurangi Ancaman Kepunahan dan Mengoptimalkan Pemanfaatan untuk Produktivitas Ekonomi dan Kesejahteraan Sosial”. Tema tersebut merupakan pengejawantahan dari tujuan utama konservasi keanekaragaman hayati, baik yang termuat dalam World Conservasion Strategy, Convention on Biological Diversity, maupun amanat dalam Undang-Undang Konservasi Hayati.

Dalam rangka mendukung Visi dan Misi Presiden Republik Indonesia periode 2025-2029 yaitu “Bersama Indonesia Maju Menuju Indonesia Emas 2045”, Kementerian Kehutanan menetapkan visi menjadikan kawasan hutan sebagai “Entitas Tapak Hutan yang Mengalirkan Manfaat Ekologi, Ekonomi, dan Sosial dalam Mewujudkan Indonesia Maju menuju Indonesia Emas 2045”. Dalam rangka mendukung visi Kementerian Kehutanan, Direktorat Jenderal KSDAE menetapkan visi “Keseimbangan Pengelolaan Keanekaragaman Hayati sebagai Entitas Tapak yang Mengalirkan Manfaat Ekologi, Ekonomi, dan Sosial”. Visi tersebut menggambarkan komitmen untuk mencapai tujuan utama dari upaya konservasi keanekaragaman hayati, serta sebagai panduan umum yang memberikan arah bagi langkah-langkah yang akan ditempuh oleh Direktorat Jenderal KSDAE beserta jajarannya.

Serangkaian tindakan atau langkah konkret yang dirancang oleh Direktorat Jenderal KSDAE untuk mencapai visi di atas diuraikan menjadi empat misi. Misi tersebut memberikan arah dan fokus pada kegiatan jangka menengah seluruh unsur organisasi Direktorat Jenderal KSDAE. Bertalian dengan misi Kementerian Kehutanan, maka Misi Direktorat Jenderal KSDAE pada tahun 2025-2029 dirumuskan sebagai berikut:

1. Menjaga kelestarian fungsi ekologis keanekaragaman hayati;
2. Mengoptimalkan fungsi sosial keanekaragaman hayati;
3. Meningkatkan manfaat ekonomi keanekaragaman hayati; serta
4. Mewujudkan tata kelola pemerintahan bidang konservasi keanekaragaman hayati yang baik.

Dalam upaya pencapaian visi tersebut, Direktorat Jenderal KSDAE akan melaksanakan 6 kegiatan dengan 16 Indikator Kinerja Kegiatan (IKK), yaitu:

1. Kegiatan Perencanaan Konservasi Keanekaragaman Hayati, dengan IKK Indeks Efektivitas Perencanaan KSA/KPA/TB (0,65 poin), serta Persentase entitas kerjasama yang efektif, efisien, transparan, dan akuntabel (17%);
2. Kegiatan Pengelolaan KSA, KPA dan TB, dengan IKK Jumlah unit KSA, KPA, dan TB dengan kategori pengelolaan efektif (400 unit), serta Jumlah kelompok masyarakat yang dibina dalam upaya konservasi kawasan dan keanekaragaman hayati (2.500 Kelompok);
3. Kegiatan Konservasi Spesies dan Genetik, dengan IKK Jumlah spesies yang terdata sebaran dan/atau populasinya (1.100 Spesies), Jumlah produk yang dikembangkan melalui bioprospeksi (25 produk), Peningkatan jumlah individu dari hasil penangkaran yang dimanfaatkan (500 individu), serta Nilai PNBP dari hasil pemanfaatan tumbuhan dan satwa liar berkelanjutan (Rp 28 Miliar);
4. Kegiatan Pemanfaatan Jasa Lingkungan KSA, KPA dan TB, dengan IKK Jumlah desa di sekitar KPA yang mendapat manfaat dari jasa lingkungan (50 desa), Persentase pintu masuk objek wisata yang menerapkan e-ticketing dan cashless payment (40%), Nilai PNBP dari pemanfaatan jasa lingkungan KSA, KPA dan TB (Rp 239 Milliar), serta Luas kawasan hutan konservasi yang dipersiapkan untuk implementasi nilai ekonomi karbon (2,5 Juta Hektar);
5. Kegiatan Pemulihan Ekosistem dan Pembinaan Areal Preservasi, dengan IKK Luas Areal Preservasi yang dikembangkan (1 juta hektar), serta Luas pemulihan ekosistem di KSA, KPA, dan TB (70.000 Hektar);
6. Kegiatan Dukungan Manajemen Direktorat Jenderal KSDAE, dengan IKK Nilai Maturitas SPIP Ditjen Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekosistem (3,85 poin), serta Nilai SAKIP Ditjen Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekosistem (82,7 poin).